Foi um exército francês faminto, descalço e sem agasalho que a 4 de Novembro de 1807 entrou em território português. Desesperados pela fome e pelo frio, açoitados por uma chuva intermitente, os soldados invasores saquearam e profanaram as igrejas e até sepulturas das regiões que atravessavam. Pareciam mais uma horda de malfeitores do que um exército regular, arrastando-se na lama e lentamente progredindo na sua marcha rumo a Lisboa.
A Corte do Príncipe Dom João só tomou conhecimento de que as forças francesas haviam ultrapassado a fronteira, três semanas após o fato. Cercado de cortesãos que lhe davam os mais contraditórios conselhos, Dom João não sabia o que fazer e desconhecia grande parte dos acontecimentos que agitavam o país.

A situação de indecisão transformar-se-ia totalmente, quando a 25 de Novembro, Dom João recebeu, através do Tenente-Coronel Lécor, a notícia da invasão. Junot estava com o seu exército em Abrantes, a 22 léguas de Lisboa. Com o Conselho de Estado reunido às pressas, ficou resolvido por unanimidade que no dia 27 a família real e a Corte embarcariam e que a 28 partiriam para o Brasil. O Príncipe Regente transferiu-se com a família do Palácio de Mafra para o da Ajuda, e todos começaram os preparativos para a viagem.

As notícias sobre a partida da família real e da aproximação do exército francês transformaram Lisboa. Milhares de pessoas, em pânico, aglomeravam-se às margens do Tejo com a esperança de conseguir um lugar na esquadra composta de oito naus, quatro fagatas, três brigues e 30 navios mercantes. Não faltaram cenas deploráveis, pois muitos queriam embarcar à força.

Aos que corriam de um lado para outro pelas ruas da cidade vieram juntar-se os foragidos do interior, que pensavam escapar aos invasores franceses na capital do Reino, aumentando ainda mais a aflição dos lisboetas. Lamentando-se e chorando, acotovelando-se pelas praias, e pelo cais, o povo lisboeta assistia ao embarque de seu Príncipe e sua Corte. Enormes volumes, carregando as riquezas da metrópole, obras de arte, relíquias históricas, raridades iam aos poucos sendo tragadas pelos porões dos navios.

O dia 27 de Novembro, data marcada para o embarque, nasceu claro e ensolarado, ao contrário dos chuvosos dias anteriores. A primeira carruagem real a chegar ao cais conduzia um emocionado D.João e o infante da Espanha, Dom Pedro Carlos, primo de Dona Carlota Joaquina que morava havia algum tempo em Lisboa. Ambos embarcaram no “ Príncipe Real” onde viajariam também sua mãe a Rainha Dona Maria I e seu filho, Dom Pedro. Estava já a bordo o Príncipe Regente quando chegaram ao cais a Princesa Dona Carlota Joaquina e os restantes filhos que embarcaram no “Afonso d ´Albuquerque”. Depois que a família real embarcou com a sua comitiva, toda a Corte deixou o cais em direção à esquadra. Ministros, altas personalidades do Reino , da nobreza e do clero, juntamente com muitos negociantes e proprietários fizeram com que o número de embarcados chegasse, segundo alguns historiadores, a cerca de 15 mil.

O terror que dominava os fugitivos, porém, ainda não chegara ao fim. A angustiante espera da partida demoraria 40 horas. O mar além da barra do Tejo estava bastante agitado para permitir a saída dos navios. Enquanto isso, as tropas de Junot avançavam sobre a capital e o general francês, conhecedor da região, enviara um destacamento para tomar o Forte de São Julião, com o objetivo de apontar os seus canhões para a foz do Tejo.

Às duas horas da madrugada de 29 de Novembro de 1807, um vento favorável permitiu que a esquadra portuguesa formasse sob a proteção dos navios de Sua Majestade Britânica.
Às nove horas da manhã de 30 de Novembro , Junot entrava em Lisboa à frente de um exército de 26 mil homens e de um destacamento da cavalaria real portuguesa que encontrara a força francesa perto de Santarém e se pusera às suas ordens.
Abandonado à própria sorte, Portugal viveria os piores anos de sua História.